Una gran ventaja de esta aplicación es que el usuario podrá crear y guardar su propia base de datos en un formato sencillo como google spreadsheet. Como ejemplo, podrás usar la base de datos “easycont” para buscar contaminantes clásicos en tus análisis ESI y MALDI, inherentes a la preparación de muestra tales como detergentes, polímeros de contenedores e interferencias de solventes. Esta aplicación compara su espectro experimental con el teórico de cada uno de los contaminantes generando un resumen con cálculos de similaridad. En unos pocos segundos, podremos comparar y buscar los 1200 compuestos que están en la tabla con su espectro experimental. Todos los cálculos aplicados durante el tratamiento de datos se realizan de forma local en el navegador, sin que los datos se transfieran a los servidores.
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Genera distribuciones isotópicas teóricas con diferentes cargas & aductos
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Genere su propia base de datos y compárela con su espectro experimental
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Aplicaciones interesantes de libre acceso para interpretación de datos MS
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Cómo crear su base de datos, paso a paso

Revisa los conceptos importantes en nuestro glosario

PASO 1

Crea tu propio archivo de google spreadsheet

Lo primero que debes hacer es presionar el botón “custom” en la figura como un óvalo negro (1). Ya dentro del módulo “custom”, debes de abrir el fichero ya existente de google spreadsheet señalado con un círculo rojo (2).  Una vez abierto, puedes ir al archivo y crear una copia cambiándole el nombre en el espacio azul señalado en la figura (3). Después puedes borrar los contenidos (fíjate en el formato) y empezar a crear tu base de datos desde el inicio.

PASO 2

Introduce tus propios compuestos en la base de datos

Como puedes ver en el archive de demo, debes introducir las formulas moleculares en la primera columna y como la molécula puede ser cationizada en la segunda columna. Fijate que esta herramienta permite introducir múltiples entradas por columna. Por ejemplo, un PEG que está constituido como H-(C2H4)1-20-OH y que puede ser cationizada por H+, Na+ y K+ generará un total de (20*3=60) posibilidades en una sola línea. También se pueden definir grupos (Acet, Me etc…)

PASO 3

Información de cada compuesto

Aunque este paso no sea obligatorio, te recomiendo que “pierdas” un poco más de tiempo y lo rellenes porque, recuerda que una vez que termines tu base de datos la podrás usar tantas veces como quieras. Mientras que la base de datos está creciendo, es interesante guardar un recuerdo sobre el origen de los compuestos. Esta información saldrá en los resultados.

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PASO 4

Consigue el UUID

Una vez que tu archivo esté guardado, debes buscar la opción de “get shareable link” con todo el mundo o con algunos usuarios predefinidos. Cuando pegues el contenido del portapapeles deberás obtener algo así:

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1ahKkf913uIBRBEZNxFX_7RkJyuKpUpZyBy-8VDGBvs4/edit?usp=sharing

Copia la parte que está en negrita &itálica en la columna “Google spreadsheet UUID” en el módulo “custom” después, podrás dar un nombre a tu base de datos y añadir alguna referencia si lo deseas.

PASO 5

Selecciona tu base de datos

Una vez que has pegado tu link en la columna UUID, se cargarán todos los compuestos automáticamente como una lista de posibles fórmulas moleculares. Después podrás seleccionar tu base de datos y aparecerá una marca en “selected”. Después deberás apretar el botón de “back home”. El programa usará esta base de datos para futuros cálculos.

Busca contaminantes en tus experimentos paso a paso

PASO 6

Importación de datos experimentales

Esta herramienta se puede utilizar en un LIMS o de forma independiente. En el modo independiente, debe arrastrar/soltar su espectro experimental como un archivo de texto delimitado por tabulaciones o copiarlo y pegarlo (CTRL-V) mientras mueve el mouse sobre la zona de colocación. La lista de espectros disponibles se mostrará en la tabla y simplemente puede hacer clic en el que desea mostrar. Si quieres mirar los contaminantes en tu muestra carga la base de datos “easycont”. Como ejemplo puedes cargar una muestra real de nuestro laboratorio en ejemplos y ver si hay contaminantes.

PASO 7

Calcula la resolución en función del m/z

Una vez que has cargado tu espectro experimental, deberás de dar al botón “auto width” para ajustar la resolución en función del m/z y calcular la curva de regresión necesario para ajustar la resolución de los compuestos teóricos. Este resultado, en forma de ecuación, saldrá automáticamente en el apartado “define with calculation” y después podrás lanzar tu cálculo dando al botón “Process”.

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PASO 8

Selecciona tus límites de concordancia.

Para mejorar la comparación entre la teoría y tu espectro experimental, deberás de seleccionar correctamente la zona de comparación en esta sección. Esta zona, definida aquí, debe ajustarse dependiendo de la complejidad de la distribución isotópica.

PASO 9 (Opcional)

Aplica una corrección Calcula la resolución en función del m/z

Para mejorar el cálculo de similaridad, podemos de manera opcional aplicar un desplazamiento manual en shift. Podrás definir un desplazamiento en Da y después dar al botón de aplicar. Después deberás de relanzar el cálculo dando al botón de “Process”.

Diferentes maneras de ver tus resultados

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Resultados 1

Vista de lista de fragmentos

La primera vista es una tabla de resumen denominada “List of fragments”  que contiene toda la información sobre las moléculas identificadas. Puede ver la fórmula molecular y la forma de ionización, así como el pico monoisotópico de la fórmula molecular (sin ionización) y la masa monoisotópica final incluida la carga. Otros valores interesantes como el error en ppm, la abundancia relativa, la cantidad, el grupo y el puntaje de similitud también se incluyen en esta vista. Para cualquiera de los fragmentos, puede hacer zoom e interactuar en la vista de espectros de masas (Resultados 2). Todos los datos presentados en la tabla se pueden clasificar por cualquier criterio con un simple clic en el encabezado de la columna. También puede usar la barra de búsqueda para buscar más rápidamente un valor individual o usarlo por rango (ir al glosario). También puede exportar toda la tabla como archivo de texto con el botón Exportar datos.

Resultados 2

Vista de espectros de masas

La ventana de espectros de masas muestra los datos experimentales (en rojo) superpuestos con los iones coincidentes teóricos (en azul). Los iones identificados se asignan y codifican en negro en la parte superior. Puede seleccionar un solo pico en “List of fragments” (Resultados 1) y se resaltará en esta vista (en amarillo). Es posible acercar (botón izquierdo), alejar (doble botón izquierdo) y mostrar esta ventana en la pantalla completa (barra de opciones en la parte superior de la ventana). El contenido de esta ventana se puede imprimir o exportar como archivo SVG (barra de opciones). El ejemplo de mezcla de azucares después de la recalibración se muestra en la figura (izquierda).

Resultados 3

Vista de información

La ventana de información muestra detalles para el ion seleccionado en “List of fragments”, como su nombre, masa monoisotópica, composición de  grupos variables, carga y aducto de ionización. También encontrará la masa monoisotópica teórica y los datos experimentales m/z más cercanos. Debajo de esta ventana se muestra la cantidad asignada, el número de fragmentos distintos encontrados y su porcentaje de la intensidad total. También se muestra la cantidad total de fragmentos teóricamente posibles basados en las combinaciones seleccionadas.

Resultados 4

Vista de similitud

La ventana de Similitud muestra la coincidencia del patrón isotópico teórico con el espectro experimental para el fragmento seleccionado con diferencias en la intensidad de los isotopólogos resaltados en amarillo. Puedes consultar nuestro concepto de similitud aquí.

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