Desde hace 10 años, nuestro grupo ha desarrollado varias aplicaciones de rutina para diversos tipos de cálculos en Espectrometría de Masas.  En esta página encontrará herramientas básicas como nuestro calculador de masa molecular que genera masa monoisotópica a partir de una fórmula molecular. También podrá encontrar nuestro calculador de fórmula molecular para encontrar las fórmulas posibles a partir de un valor monoisotópico experimental. También se pueden generar los posibles fragmentos teóricos de una molécula  y combinarlos con nuestra herramienta de fragmentación.   Finalmente, puede usar nuestra herramienta de modificación de proteínas, basado en la base de datos Unimod, para sus búsquedas proteómicas.
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Genera distribuciones isotópicas teóricas y diferentes aductos de ionización.
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Genera las posibles fórmulas moleculares para los diferentes valores experimentales. Después verifica posible correspondencias con compuestos conocidos en Pubchem.
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Genera las posibles fórmulas moleculares para los diferentes valores experimentales seleccionando elementos basándose en su distribución isotópica específica.
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Búsqueda de modificaciones de proteínas por masa monoisotópica o residuo. Esta herramienta utiliza la base de datos UNIMOD.
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Dibuje o importe una estructura, defina los cortes y genere una lista de posibles fragmentos.
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Aplicaciones en libre acceso para interpretación de datos MS.
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Consejos de uso

Para nuestros Calculadoras de MS

Herramienta 1

Calculadora para Masa Molecular

Esta herramienta permite calcular la distribución isotópica teórica y la masa monoisotópica a partir de una fórmula molecular. Es posible indicar grupos predefinidos, modificación química de aminoácidos, especificar un isótopo dado y modificar la abundancia isotópica. Puede dibujar la estructura o editar directamente la fórmula molecular. Tómese unos minutos para leer estos útiles consejos:

 

  • Puede utilizar cualquier átomo o grupo de átomos separados por una coma “,”
  • Consulte nuestra lista de grupos predefinidos y úsela directamente en la fórmula molecular haciendo clic en el pequeño icono cuadrículado.
  • Use isótopos específicos (specific isotopes).
  • Utilice abundancias isotópicas específicas (isotope abundances).
  • Especifique ionización, cargas y aductos. Puede utilizar varias cargas separadas por una coma “,”
  • Defina cualquier modificación química (chemical modification) de cualquier grupo predefinido.
  • Defina su FWHM para un espectro modo perfil (para valores pequeños de FWHM, haga clic en Predecir espectros de masas).
  • Los datos experimentales se pueden pegar y superponer con la distribución calculada dentro de la ventana del espectro de masas, pero aquí no se proporcionan puntuaciones de similitud (similarity).
  • El contenido de esta ventana se puede imprimir o exportar como archivo SVG (barra de opciones)

Herramienta 2

Calculadora para Fórmulas Moleculares

Esta herramienta permite encontrar una posible fórmula molecular para una masa monoisotópica medida. Solo recuerde que la masa monoisotópica (monoisotopic mass) no siempre es ni el pico más abundante de la distribución isotópica ni el que tiene la intensidad más baja.

  • Escriba primero la masa monoisotópica observada (monoisotopic mass).
  • Especifique cargas y aductos para la ionización. Puede utilizar varias cargas separadas por una coma “,”
  • Defina el rango de átomos (range of atoms) que se quieren explorar.
  • Defina la tolerancia de masa en ppm.
  • Utilice los filtros de insaturación (unsaturation filters) si es necesario.
  • Definir el FWHM (0 para espectro centroide)
  • Una lista de posibles fórmulas moleculares será mostrada. Las posibles estructuras correspondientes publicadas en Pubchem resaltadas en verde se pueden ver haciendo clic en el icono de la base de datos.
  • Puede comparar diferentes distribuciones isotópicas
  • Los datos experimentales se pueden pegar y superponer con la distribución calculada dentro de la ventana de espectros de masas, pero aquí no se dan puntuaciones de similitud (similarity).
  • El contenido de esta ventana se puede imprimir o exportar como archivo SVG (barra de opciones).

Herramienta 3

Calculadora para Fórmulas Moleculares Avanzado

Esta herramienta permite encontrar posibles fórmulas moleculares basadas en un rango de fórmulas moleculares tal como con la herramienta 2. Como en la herramienta 2, cualquier átomo se puede especificar desde la tabla “Selector de rango de átomos” (atom range selector). La principal diferencia es que este selector de rango de átomos ayuda en la selección de los elementos, la información disponible se muestra para cada elemento. Esto es especialmente útil para distribuciones isotópicas desconocidas complicadas. Busque en nuestro glosario las definiciones del selector de rango de átomos. Para obtener más explicaciones, consulte la fórmula molecular desde el calculador de masa monoisotópica (monoisotopic mass) (herramienta 2) en esta página. Consulte cómo tutorial el ejemplo de un halógeno ejemplo (haga clic en Cargar).

Herramienta 4

Encuentra tus modificaciones en proteínas

Esta herramienta permite una búsqueda rápida en la base de datos UNIMOD. Esta aplicación permite combinar tres tipos de búsquedas sencillos:

  • Buscar por masa monoisotópica (monoisotopic mass) (con la precisión especificada en ppm)
  • Búsqueda por aminoácidos modificables
  • Busqueda por el nombre de la modificación escribiendo directamente el nombre en la ventana de la lista de entradas coincidentes encontradas.

Herramienta 5

Generador de fragmentos

Esta herramienta genera una lista de posibles fragmentos para moléculas pequeñas. Puede ser particularmente útil para el cálculo automático de fragmentos generados por impacto electrónico.

  • Dibuje su molécula en la ventana de edición
  • Seleccione los enlaces que desea escindir con el icono del círculo azul (fragment).   Esto generará los iones de fragmentación directa y todas las posibles recombinaciones con un código. Tenga cuidado con el rápido aumento del número de posibles recombinaciones porque podría conllevar mucho tiempo de cálculo.
  • Al colocar el cursor sobre cualquier fragmento (fragment) en la lista recompuesta, se resaltará la posición en la estructura y los fragmentos codificados presentes en el ión fragmento (fragment ion).
  • Al hacer clic en la lista, se anotará el ion y se trazará su distribución isotópica en el gráfico m/z

Los datos experimentales se pueden pegar y superponer con la distribución calculada, pero aquí no se dan puntuaciones de similitud (similarity).

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